En del metan kan ha producerats genom oorganiska processer. Den ursprungliga källan till jordens kol var det kosmiska skräpet från vilket planeten bildades. Om meteoriter är representativa för detta skräp, kan kolet ha tillförts i jämförelsevis höga koncentrationer som kolväten, såsom finns i den kolhaltiga kondrittypen av meteoriter. Kontinuerlig avgasning av dessa kolväten kan ske inifrån jorden, och en del kan ha ackumulerats som abiogena gasavlagringar utan att ha passerat genom en organisk fas. Vid en omfattande utgasning är det dock troligt att abiogen gas skulle vara för diffus för att vara av kommersiellt intresse. Betydande ansamlingar av oorganisk metan har ännu inte hittats.
Heliumet och en del av argonet som finns i naturgas är produkter av naturlig radioaktiv nedbrytning. Helium härrör från radioisotoper av torium och uranfamiljen, och argon härrör från kalium. Det är förmodligen en slump att helium och argon ibland förekommer med naturgas; med all sannolikhet fastnade de orelaterade gaserna helt enkelt i samma fälla.
